手把手教你将WB蛋白条带拉直、定量,用于SCI投稿!
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小编从2019年到2022年12月29日,一共发了19篇SCI(含共一)。做过Western blot的同学就知道下图的流程,看完此文,你将学会整个WB图片处理、做如下A、B两个图:
我们要跑WB,然后将膜放到机器上用Image Lab软件进行曝光,将不同曝光时间产生的SCN图片文件保存到电脑上。
但是我们经常会把这些不同曝光时间的SCN图片文件copy到自己的电脑上,然后再选择一张美观一点的SCN图片文件转换为图片,用于投稿。
所以,上述整个流程我们一共需要3款WB必备软件:
第一,我们自己的电脑需要安装一个“Image Lab软件”。才能将美观的SCN图片文件转换为Tiff图片,用于作图。
第二,我们自己电脑还需要安装一个WB条带定量拉直软件,这个软件是科研必备软件,它可以对条带进行定量和拉直,
第三,我们需要一个WB量化之后做柱形图的GraphPad软件。
所以说,做好WB,我们一定需要这三款软件。这3款WB神器免费分享给大家(原价1899元):
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那怎么用这3款软件完成WB作图呢?小编来教大家:
一、WB曝光时SCN图片文件转换为Tiff图片:
如下方式直接用Image Lab(此次资源里面包括了Win和Mac的安装包)打开一张背景低、条带平的SCN图片文件,并保存(左上角按钮)为tiff图片,这样就ok了。
二、WB蛋白条带定量、拉直:
1、WB条带定量。接上,Image Lab导出图片之后,四个泳道,我感觉内参不平(所以我需要量化它,并调整内参):
那我们将这张图片拖到WB条带定量拉直软件(此次资源包里面包括了Win+Mac的安装包)中,打开这张图:
a. 把图片转化成灰度图片:Image>Type 选16-bit:
b. 消除背景影响:Process>Subtract Background. 选择50基本可以。
c. 框中条带:如下选择你需要定量的条带:
d. 选择条带,如下操作后点击YES:
e. 可视化条带:
后跳出可视化页面:
f.框出想要量化的孔:如下操作,按住电脑的shift键,然后用鼠标划线:
g.定量:选择量化棒,用鼠标点击每一个框:
随后会跳出量化的结果:
导出为Excel即可。同时,这个值除以原始上样量就是浓度了,随后我们再用一个统一的值除以浓度,就是调整后的每一个孔道的上样量了:
此外,定量之后,我们还可以用量化图做目的蛋白的柱形图,如下计算好目的蛋白的值和内参的值,目的蛋白除以内参就是量化值:
我们可以看到实验组的WNT4蛋白量明显高于对照组。
2.拉直。
还是一样,我们用WB定量拉直软件打开弯曲的WB图片:
随后沿着弯曲的线划线:
再用鼠标双击Segmented line选项,设置线段的宽度至包含所有条带:
点击菜单栏Edit-Selection-Straighten,倾斜的WB条带立刻被拉直,并保存为新的图片:
三、WB量化柱形图:
给大家分享的Graphpad安装包是Win版的,自带激活的,是我们机构批量授权的,永久免费使用的。那我们接着上述做图,我们打开Graphpad,如下:
将我们的值复制进去:
如下点击出图:
再双击修改颜色就行:
最后如下点击非配对T检验进行差异分析:
结果是四颗星:
再把scale bar加上:
最后导出投稿就行:
好了以上就是做WB的3款必备软件,科研必备!
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